در سال 1370 همزمان با بحث ایجاد مراکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی در سطح وزارتخانه، در این دانشگاه هم جناب آقای حاجی‌آبادی، سرپرست دوره‌های بازآموزی و آموزش‌های آزاد (اداره آموزش مداوم فعلی)، به همراه دو نفر دیگر از اعضای هیات علمی، آقای دکتر حسن غلامی و آقای علیرضا سعادتجو، ضمن بازدید از مراکز مطالعات و توسعه دانشگاه‌های اصفهان، شیراز و یزد، اقدام به تاسیس این مرکز در دانشگاه علوم پزشکی بیرجند نمودند. بعدها در سال 1376، جناب آقای حاجی‌آبادی با ابلاغی از سوی معاون محترم آموزشی وقت (آقای دکتر رضوانی)، به عنوان دبیر EDC منصوب گردید. در ابتدا این مرکز توسط آقای حاجی‌آبادی، سعادتجو و دکتر غلامی، و بدون نیروی کارشناسی اداره می‌گردید. در این زمان، تمرکز فعالیتهای مرکز، معطوف به توانمندسازی اساتید بود،  به صورتی که کارگاه‌های متعددی در حوزه برنامه‌ریزی درسی، ارتقای مستمر کیفیت، روش‌های تحقیق، اخلاق پزشکی و برنامه‌ریزی استراتژیک برگزار گردید. در طی سال‌های84-1380، مدیریت EDC بر عهده دکتر مسعود ضیایی بود. در این زمان، یک نفر کارشناس هم به مجموعه EDC اضافه گردید. برنامه استراتژیک این مرکز تدوین و به موازات آن، کارگروه برنامه‌ریزی استراتژیک در کلیه دانشکده‌های این دانشگاه نیز تشکیل گردید. در همین زمان بود که ساختار مرکز مطالعات، در شکل ساختار فعلی آن تعریف و مشارکت سایر اعضای هیاتعلمی در فعالیت‌های آن آغاز شد و به تدریج نیروهای کارشناسی بیشتری جذب شدند تا این که تا سال 1394،  تعداد هفت کارشناس در EDC مشغول فعالیت بودند. هم اکنون، این مرکز با 11 واحد شامل واحدهای برنامه‌ریزی، ارزشیابی، پژوهش در آموزش، استعداد درخشان، المپیادهای دانشجویی، کمیته‌های دانشجویی، ارزیابی دانشجو، توانمندسازی اساتید، آموزش الکترونیکی، مرکز مهارتهای بالینی و واحد کتاب و مجله، با تعداد 5 کارشناس و سایر اعضای هیات علمی مسئول واحد و نیز تعداد زیادی از اساتید هیات علمی به عنوان عضو کمیته اداره می‌گردد.

مدیریت این مرکز از سال 1370 تا 1399 به ترتیب زیر بوده است:

آقای محمدرضا حاجی آبادی، دکتر مسعود ضیایی، دکتر زهره خزاعی، دکتر غلامرضا فعال، دکتر طوبی کاظمی، دکتر احمدرضا سبزاری (سرپرست مرکز به صورت موقت)، دکتر محمود گنجی‌فرد و دکتر نرجس اکبری.