مرکز مطالعات و توسعه آموزش دانشگاه که به عنوان مسئول سیاست گذاری در زمینه ارتقای کیفیت آموزش در سطح دانشگاه است دارای 11 واحد کاری مشاغل واحد، برنامه ریزی، ارزشیابی آموزش، دانش‌پژوهی، پژوهش در آموزش، مرکز مهارتهای بالینی، توانمندسازی اساتید، استعدادهای درخشان، المپیادهای دانشجویی، کمیته دانشجووتوسعه آموزش، مرکز آزمون، می‌باشد.

در سال 1394 که طرح تحول و نوآوری در آموزش در دستور کار وزارتخانه قرار گرفت. در دانشگاه علوم پزشکی بیرجند، به عنوان واحدی زیر نظر معاونت آموزش دانشگاه شروع به کار کرد. از آن زمان مرکز مطالعات و توسعه آموزش دانشگاه، به صورت مستقیم و نزدیک با بسته، طرح تحول عجین شده است به گونه‌ای که مرزواضحی بین اجرای فعالیت‌های طرح تحول و مرکز مطالعات وجود ندارد. با این حال مرکز مطالعات و توسعه آموزش در راستای رسالت خود، دارای اهداف بلند مدتی است و مسئولیت مطالعه، پژوهش و عملکرد مبتنی بر شواهد در راستای رسیدن به اهداف آن را بر عهده دارد. بنابراین لازم است تا علاوه بر پیشبرد اهداف اصلی خود، سهم بزرگی در راستای پیاده‌سازی بسته تحول آموزش نیز داشته باشد. بر این اساس، لازم است ساز و کار تعامل مرکز مطالعات با بسته، تحول آموزش به صورتی مشخص شود که رسالت هر دو به درستی محقق شود. ساز و کار تعامل این مرکز با دبیرخانه طرح تحول و نوآوری در آموزش به صورت زیر می‌باشد:

1. دبیر طرح تحول و نوآوری درآموزش به پیشنهاد مدیر EDCبا تایید و امضای معاون محترم آموزشی انتخاب می‌شود.

2. مسئول و اعضای کارگروه های هر کدام از بسته های طرح تحول به پیشنهاد دبیر طرح تحول و با تأئید و امضای مدیر EDCانتخاب می‌شوند.

3. سهم کارکنان EDC در فعالیتهای طرح تحول به عنوان مسئول بسته یا عضوی از کارگروه بسته‌های طرح تحول و یا به عنوان مشاور در حوزه تخصصی‌شان است.

4. مسئولیت برگزاری جلسات مرتبط با طرح تحول بر عهده دبیر طرح تحول و با هماهنگیبا مدیر EDC می باشد.جلسات طرح تحول با حضور معاونت آموزشی و مدیر EDC مشروعیت می‌یابد.

5. ارائه گزارش بسته طرح تحول بر عهده‌ی مسئول هر بسته است که در قالب جلسات ارائه گزارش سه ماهه انجام می‌شود.

6. مسئولین بسته‌های طرح تحول، مستندات مربوط به پیاده سازی برنامه‌های طرح تحول بر اساس برنامه عملیاتی هر دانشگاه را در موعد مقرر به دبیرخانه پایش طرح تحول ارجاع نمایند.

7. این مرکز همچنین از طریق مشارکت در برگزاری کارگاه‌های وابسته به بسته، طرح تحول با این دبیرخانه همکاری دارد.

8- به طور کلیهمکاری EDC در طرح تحول آموزش، به گونه‌ای است که به فعالیت‌های آن در راستای رسالت مرکز مطالعات خللی وارد نشود.